Phaeoptyx conklini ist eine geheimnisvolle, versteckt lebende Art, die tief in Höhlen oder unter geschützten Felsvorsprüngen anzutreffen ist. Der Kardinalbarsch ist bei Tageslicht weitgehend unbeobachtet und taucht nachts auf und bildet große Futteransammlungen in ein bis fünf Metern Höhe über Höhlen, um sich von kleinen Krebstieren zu ernähren. Die Fische finden sich häufig auf flachen Fels- und Korallenböden, in leeren Muschelschalen, über Geröll oder leeren Behältern. Im Golf von Honduras wurde diese Art in flachen Vorriff-, Fleckenriff-, Fels-, Mangroven-, flachen Sandböden und Seegrashabitaten gesammelt, war aber in Abhang-Habitaten nicht häufig Sie ist dort häufig, wo Acropora palmata vorkommt. Es findet eine ausgeprägte Paarung während der Balz und des Laichens statt und das Laichen kann das ganze Jahr über stattfinden. Phaeoptyx conklini ein Maulbrüter mit einer Wangentasche zum Ausbrüten der Eier. Der Kardinalbarsch ist ein nächtlicher Räuber, der sich von kleinen Krustentieren ernährt.
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